Hallo,
ich kenne eine ähnliche Geschichte von einer Bekannten. Ebenfalls 2 Weibchen nachhinein auch Babys entdeckt und es hatte sich herausgestellt das eines der beiden ein Männchen war. *Das damals nicht einer der drei Tierärzte gesehen hat das nicht beides Weibchen sind, zeigt mal wieder das manche TA sich wirklich nicht mit Kleintieren auskennen

*
Plötzliche fehlte ebenfalls ein Neugeborenes, mir wurde damals gesagt die Mutter hätte es gefressen.
Aber vielleicht schreibt jemand noch was dazu der sich mit der Thematik mehr auskennt, aber ich kann mir nicht vorstellen das deine beiden sich einfach in Luft ausgelöst haben.
Noch was anderes:
Wenn ich dich richtig verstanden habe leben deine Kaninchen - jetzt getrennt- in Käfige, oder?
Kaninchen benötigen MINDESTENS 2 qm permanenten Platz. Du könntest auch die Unterschale des Käfigs benutzen, und drum herum Gitterelemente stellen.
Schau dir mal
www.diebrain.de an, oder lies dich ein bißchen durchs Forum. Wenn du Fragen hast stell sie hier wurde- soweit ich weiß- noch keinem der Kopf abgerissen

ps: ups fledermauserl war schneller