Unsere klopfen auch manchmal mitten in der Nacht bzw. meistens nur unsere Kleine. Da steht man dann immer kerzengerade im Bett und wenn man nach den beiden schauen geht, lauschen sie wie verrückt und starren meist in Richtung Fenster.
Kaum ist das Fenster zu, beruhigen sie sich relativ schnell wieder. Daher bin ich vor allem Nachts davon überzeugt, das es schlichtweg andere Tiere sind, die sie beunruhigen und dazu veranlassen Alarm zu schlagen.
Vor allem habe ich einmal eine Katze erwischt, die immer wieder unser Licht vor dem Haus angehen ließ oder ein anderes mal war es eine schreiende Krähe.
Das kann so vieles sein und vor allem, gerade wir Menschen erkennen im Dunkeln wohl das meiste als aller letztes. Ich stand mal morgens als es noch dunkel war(im Winter) an der Bushaltestelle vor einem Busch. Durch den kann man eigentlich recht gut durchsehen(wenn es hell ist) und als es hinter mir raschelte, war ich überzeugt, das es sich nur um einen Vogel oder um ein Mäuschen handelt.
Hätte ich gewusst, das es ein Fuchs war, was ich einige Minuten später erfuhr als er wie von einer Tarantel gestochen aus den Büschen heraus brach und über die Strasse flitzte wär ich wohl nicht so ruhig stehen geblieben.

Der hat sich locker 5min hinter mir herum getrieben und ich habe ihn weder gesehen noch ein weiteres mal gehört.
Was man allerdings dagegen machen kann, das sie nicht mehr klopfen, schwierig.
Vor allem muss die Gefahrenquelle oder das was sie beunruhigt verschwinden, damit sie aufhören.